De las opciones presentadas por el promotor, el ministerio ha elegido la llamada "alternativa oeste", por considerar que no afecta a la Zona de Especial Protección para Aves (ZEPA) de los Carrizales y Sotos de Aranjuez.

No obstante, esta alternativa deberá cuplir una serie de condiciones encaminadas a mejorar el diseño ambiental del proyecto y a establecer medidas protectoras y correctoras de los impactos previstos, tanto en su fase de construcción como de explotación.

Para reducir al máximo el impacto de la infraestructura, Medio Ambiente exige que el trazado y la ubicación definitiva del viaducto previsto para cruzar el río Tajo se ajusten al tramo de ribera más degradado, para evitar impactos en la vegetación y en el arbolado existente en el resto de ls tramos del río.

Asimismo, para no afectar al caserío de Ahín y reducir la afección al yacimiento arqueológico "Dehesas de Ahín, la vía se alejará del citado caserío hacia el sureste y en la parte final del trazado, que discurre sobre la plataforma del ferrocarril Castillejo-Toledo, la ampliación de la plataforma ferroviaria se llevará a cabo hacia el sur, del lado del polígono industrial.

También se deberá evitar la afección, incluso durante la fase de construcción, sobre las edificaciones, ceramientos y vegetación de la finca La Alberquilla, para lo cual la nueva vía se instalará al sur de la existente.

Para la protección del sistema hidrológico y la calidad de las aguas, el proyecto deberá obviar impactos o canalizaciones sobre los cursos de agua, así como la contaminación o el posible efecto de presa, no sólo durante la fase de construcción sino también en la explotación.

El promotor deberá analizar, en coordinación con la Confederación Hidrográfica del Tajo, la posible afección a ls pozos, tanto en lo relativo a la cantidad como a la calidad de los recursos hídricos y, en especial, se realizará un estudio hidrogeológico de la vulnerabilidad del acuífero 14 "Terciario Detrítico de Madrid-Toledo- Cáceres".

Para proteger la fauna, las obras de drenaje transversal deberán permitir el paso de vertebrados terrestres. En las de drenaje longitudinal se instalarán rampas rugosas en las cunetas para facilitar el escape de vertebrados.

El proyecto deberá incluir además un estudio fauístico de la zona y otro acústico para prevenir el ruido y las vibraciones en áreas habitadas, como por ejemplo en los tramos situados en el Polígono Industrial y Barrio de la Estación de Toledo.