La presencia de los agentes transmisors de zoonosis en la cadena alimentaria hace muy difícil controlar la transmisión de estas enfermedades. Esta es una de las principales advertencias hecha por el Comité Científico para Medidas Veterinarias, que ha destacado la propagación en todos los Estados miembros de la salmonella, la listeriosis, la escherichia coli verotoxigénica, la criptosporidium, la echinococcus granulosus y la trichinela espiral.

Los científicos europeos, que han recomendado una serie de medidas para gestión de riesgos, consderan que los datos recogidos en los Estados miembros sobre estas enfermedades son incompletos y no permiten establecer comparaciones. En respuesta a este informe, la Comisión Europea ha decidido incluir en el Libro Blanco sobre seguridad alimentaria medidas para reducir la incidencia de las zoonosis.

El comisario de Protección al Consumidor, David Byrne, considera que estas acciones, que entrarán en vigor en la segunda mitad de 2000, deben ser realizadas desde los propios Estados miembros, dentro delmarco de acción diseñado para aumentar la higiene en el proceso de producción de los alimentos.