La creación del Registro Único de Fundaciones de Competencia Estatal figuraba en la Ley 50/2002 de Fundaciones y el reglamento de desarrollo se aprobó el 7 de diciembre del año 2007. Esta norma contemplaba la existencia de un Registro Único dependiente del Ministerio de Justicia.

Según Justicia, el Gobierno asumió la unificación y puesta en funcionamiento del registro como uno de sus compromisos al comienzo de la legislatura en el paquete de Medidas de Reforma de la Administración CORA.

Hasta ahora, los registros de fundaciones estaban repartidos entre varios ministerios. Con esta medida se unifican los servicios que presta el registro en un solo departamento ministerial, de manera que se mantendrá bajo la gestión de la Administración General del Estado como un órgano administrativo dependiente de la Dirección General de Registros y del Notariado.

Con el Registro de Fundaciones de Competencia Estatal se persigue una mayor eficacia, modernización y ahorro. Según Justicia, la unificación y simplificación de los procedimientos en un único órgano lleva a una mejor optimización del personal y los medios; es un órgano que ofrece garantías de independencia, de igualdad de trato y de transparencia en la actuación de las fundaciones de competencia estatal, y, además, se ha modernizado su gestión de manera que todas las acciones se puedan realizar por vía electrónica sin abandonar la atención presencial y por correo que existe en la actualidad.

Esta reforma hace que los procedimientos del registro se independicen de los del protectorado, delimitándose la competencia entre los dos órganos de supervisión de las fundaciones. Deja así de ser un elemento auxiliar del protectorado para convertirse en un registro jurídico cuyo funcionamiento esté basado en los principios de unidad, igualdad e independencia. El protectorado, por su parte, seguirá velando por que se cumplan los fines fundacionales.