El rector será elegido mediante voto ponderado de los diferentes estamentos, de manera que el mayor peso recaerá sobre profesores doctores pertenecientes a los cuerpos docentes universitarios, con un 51% de poder de decisión.

Los profesores no doctores de los cuerpos docentes y profesores contratados doctores y no doctores influirán en un 12%, mientras que los ayudantes, becarios y personal contratado para investigación tendrán un poder de decisión del 2%. El voto de los estudiantes valdrá un 25% y el del personal de administración un diez.

Los electores podrán depositar su voto en las mesas distribuidas en los tres complejos de la universidad, repartidos entre el Campus Científico-Tecnológico, el Campus Ciudad y el Campus de Guadalajara.

También habrá mesas electorales en el Hospital Ramón y Cajal, el Hospital Universitario de Guadalajara y el Hospital Universitario Central de la Defensa Gómez Ulla, así como en el centro adscrito Cardenal Cisneros.