El microbioma es el conjunto de micro-organismos (bacterias, levaduras, etc) que viven 'en y con' el ser humano, de modo que sus genes y actividades biológicas contribuyen a la vida y constituyen lo que se llama el 'metagenoma' humano.

El proyecto, denominado MetaHIT (metagenoma del sistema intestinal humano)", tiene como objetivo descifrar la caracterización y variabilidad genética de las comunidades microbianas que viven en el tubo digestivo y pretende estar listo en cuatro años.

MetaHIT busca trazar el mapa microbiano y posteriormente investigar la funcionalidad de los genes de las bacterias delaparato intestinal en determinadas patologías en las que las bacterias influyen decisivamente por su acción sobre la nutrición (obesidad) y sobre el sistema inmune (Enfermedad Inflamatoria Intestinal).

El presupuesto total del proyecto se aproxima los 19 millones de euros y cuenta además con las aportaciones individuales de los 13 miembros del consorcio.

Además del consorcio europeo que ha enmarcado su aportación bajo el 7º Programa Marco, en MetaHIT también participa un consorcio estadounidense que tiene como objeto investigar el metagenoma de las bacterias que se encuentran en la cavidad oral. Ambos consorcios persiguen objetivos comunes, aunque aplican bases de investigación diferentes.