Durante el pasado mandato de José Luis Rodríguez Zapatero tan sólo se celebró un Debate de las Autonomías en el Senado. Sin embargo, las Conferencias de Presidentes se institucionalizaron en la pasada legislatura y ya se hanconvocado en tres ocasiones.

La primera de ellas se celebró el 28 de octubre de 2004. Fue la convocatoria en la que se institucionalizó este nuevo foro y se fijaron sus normas de funcionamiento. Su conclusión más destacada fue el acuerdo sobre la participación de las comunidades autónomas en las reuniones de la Unión Europea en que se discutieran asuntos de su incumbencia.

Además, en esa ocasión los 17 presidentes autonómicos y el Gobierno comenzaron el análisis sobre la situación del servicio sanitario transferido a las comunidades.

La segunda fue el 10 de septiembre de 2005. Se centró en el debate sobre la financiación sanitaria y acabó con el acuerdo para que el Estado traspasara a las comunidades 3.042,4 millones de euros en 2006, y 3.142,4 millones de euros en 2007, para enjugar el déficit sanitario.

La tercera de las Conferencias de Presidentes se celebró el 11 de enero de 2007. Su objetivo fue debatir sobre las iniciativas de I+D+i, la correcta distribución del aguay las medidas para afrontar el problema de la inmigración.

Al finalizar, el presidente del Gobierno anunció su intención de convocar una cuarta Conferencia de Presidentes que debería versar sobre el cambio climático, pero hasta ahora esa nueva cita no tiene fecha.