Las enmiendas del Pleno rechazan varias propuestas de la Comisión Europea debido a las posibles repercusiones que puedan tener sobre las pequeñas empresas del sector y sobe los fabricantes privados.

Asimismo, establecen que los Estados miembros podrán exigir requisitos más estrictos de limitación de emisiones y protección del medio ambiente relativos a determinadas aguas, en particular, las aguas interiores o las dedicadas a la obtención de agua potable.

La Comisión Europea propone que la directiva se aplique con efecto retroactivo a toda embarcación y motor con independencia del momento en que se lanzaron al mercado. Según el Parlamento, el texto implica enormes ostes, en particular para los propietarios de barcos construidos antes de 1950 o equipados con un motor anterior a 1960, que quieran realizar modificaciones a sus embarcaciones, ya que tendrían que someterse a un costoso proceso de certificación.

Para evitar la desaparición de los motores de propulsión antiguos, el Pleno sugiere que la directiva sólo se aplique a aquellas embarcaciones, impulsoresde popa o motores de propulsión interiores puestos por primera vez en servicio después de la entrada en igor de la directiva.

Por otra parte, la Eurocámara no cree oportuno incluir en el campo de aplicación de la directiva los barcos construidos para una utilización personal. El resto de las enmiendas adoptadas por los eurodiputados clarifican las disposiciones relativas al sistema de autocertificación, estipulando que debería ser objeto de la propuesta, y prevén que los barcos a motor interior sean tratados en iguales condiciones que los fueraborda.