Emiliano-Antonio Cisneros Martínez cursó sus estudios religiosos en Logroño, San Millán de la Cogolla (La Rioja) y Salamanca, en cuya Universidad Pontificia se licenció en Filosofía y Teología. En diciembre de 1962 hizo su profesión religiosa en Salamanca, siendo ordenado sacerdote en 1968.

Sus primeros años de sacerdocio transcurrieron en tierras peruanas, adonde volverá ahora como obispo. Después desempeñó el cargo de consejero y secretario en la provincia de San José de la orden de los agustinos rcoletos.

Posteriormente fue maestro de novicios en San Millán de la Cogolla (La Rioja) y en el Desierto de la Candelaria de Colombia. Regresó a Perú como vicario provincial de Lima.

Durante este tiempo se hizo cargo de la construcción del Seminario "San Ezequiel Moreno" de Lima y realizó numerosos estudios sobre la labor de los agustinos recoletos en Perú.

En diciembre de 1992 fue nombrado consejero general de la orden, con residencia en Roma y, en el desempeño de este cargo le llegó, el pasdo 7 de diciembre, el nombramiento de obispo de la prelatura de Chota.