Según informó hoy la Conferencial Episcopal, Aguirre entró en 1971 en el noviciado de los Misioneros Combonianos en Moncada (Valencia). Tras sus estudios de Filosofía y Teología, realizó los votos perpetuos en el instituto de los misioneros combonianos y el 13 de septiembre de 1980 recibió la ordenación sacrdotal en Córdoba.

En 1980 tuvo su primer contacto con Africa, con su llegada a Bangui en la República Centroafricana, donde estuvo destinado en la misión de Obo. El 1 de enero de 1996 fue elegido como Superior Provincial de los Misioneres combonianos en Centro Africa.