El Programa de Cooperación destina el 10% de sus fondos a la financiación de los proyectos de Medicus Mundi Navarra, lo que supone un total de 1.674.570 euros para esta finalidad.

En cuanto a ayudas de emergencia, cuya concesión se realiza al tiempo que se producen algunas situaciones de catástrofe, bien de carácter natural o bien a consecuencia de conflictos humanos, hasta el momento se han concedido 4 ayudas, por un importe total de 170.708 euros. Las zonas beneficiarias han sido o son el sudeste asiático, Perú y Níger.

Por otra parte, este año se ha contado con una línea presupuestaria específica para apoyo humanitario al Pueblo Saharaui, y concedido una ayuda alimentaria de urgencia por valor de 240.000 euros a través de la Asociación Navarra de Amigos y Amigas de la RASD.

Lo presupuestado para todo este capítulo de Ayuda de Emergencia representa el 3% del programa aunque, dada la naturaleza de estas ayudas, es posible ampliar los fondos a lo largo del año según las necesidades.

En tercer lugar, se recogen un conjunto de pequeños proyectos puntuales que se enmarcan en proyecto de actuación más amplios, y cuyo objeto de subvención es contribuir al equipamiento o pequeña inversión del mismo. Son las denominadas "microacciones". A este fin se ha destinado un total de 800.000 euros.