El Ejecutivo murciano valoró el trabajo técnico realizado por la Oficina de Planificación Hidrológica de la Confederación Hidrográfica del Segura, pero considera "incompleto" este documento inicial, "ya que muestra diversas carencias y errores de enfoque motivados por condicionamientos políticos".

Las alegaciones del Gobierno murciano, en cuanto a la planificación hidrológica del Segura, hacen referencia al carácter provisional de los datos que ya tenían que ser definitivos, tales como el volumen propio de recursos hidráulicos, superficie de regadíos, volúmenes de agua desalada, y coste actualizado de la desalación.

Las aportaciones presentadas por el Gobierno regional recogen también, entre otras observaciones, la necesidad de establecer el dato real de la sobreexplotación de acuíferos, las nuevas masas de agua, la referencia a la reutilización de aguas y a los trasvases externos, y una precisión de las medidas a desarrollar para paliar el déficit hídrico estructural.

En lo que se refiere al documento de la Demarcación Hidrográfica del Tajo, las alegaciones se refieren a cuestiones relacionadas directamente con el trasvase Tajo-Segura, en concreto al sistema de explotación de cabecera, en lo que respecta a caudal ecológico, actuaciones en modernización de regadíos, situación de las reservas existentes a atender desde cabecera y usos de la cuenca.