Este órgano, dependiente del Ministerio de Sanidad y Consumo, concentra el poder en el presidente de la agencia, que tendrá rango de subsecretario y será nombrado por el Consejo de Ministros a propuesta del titular de Sanidad y Consumo.

Así, el presidente actuará como portavoz único de l agencia en situaciones de crisis alimentaria, aprobará el plan general de comunicación de riesgos, dirigirá la coordinación interterritorial, intersectorial e interdepartamental en esas situaciones de crisis, como la última del aceite de orujo, por citar un ejemplo.

Asimismo, el presidente acordará, previo informe del Consejo de Dirección, la elaboración de estudios e informes, que normalmente serán encargados al Comité Científico de la Agencia de Seguridad Alimentaria, compuesto por 20 miembros de rconocida competencia científica, quienes a su vez podrán proponer por propia iniciativa al Consejo de Dirección la realización de investigaciones o trabajos concretos.

Todos los miembros de la agencia, así como los de los distintos comités, deberán guardar confidencialidad, estando previstas las relaciones con los medios de comunicación a través de la Oficina de Comunicación de Riesgos Alimentarios, que dependerá de la Dirección Ejecutiva.

Según el Estatuto, la Agencia de Seguridad Alimentaria relizará su labor "sin perjuicio de las competencias ejercidas por otros Departamentos en materia agroalimentaria o medioambiental, en aspectos que puedan incidir indirectamente en la seguridad de los alimentos y productos alimenticios destinados al consumidor". Es decir, respetando las respectivas competencias en materia de salud pública, agricultura y ganadería o medio ambiente de comunidades autónomas, diputaciones, cabildos y ayuntamientos.

Asimismo, la agencia carece de competencias en el control hgiénico-sanitario de mercancías alimentarias en frontera, que seguirá en manos de la autoridad estatal competente en materia de sanidad exterior.