Estos dos tipos de impacto son los más frecuentes, ya que las edificaciones llegan al mismo límite del río y han ocasionado la desaparicióntotal o parcial de la vegetación de ribera, como la jara pringosa y el matorral bajo, así como de la fauna del entorno en determinados lugares, como el águila imperial, el buitre negro y el buitre leonado.

Además, las tomas de agua, la extracción de áridos, la presencia de infraestructuras, la destrucción de la vegetación, las filtraciones de vaquerías y los vertidos de escombros y otros residuos son también causantes de la degradación que sufre el Guadarrama, según declararon en rueda de prensa repreentantes de la asociación ecologista.

Desde 1999, la mayor parte del recorrido de este río se encuentra dentro del Parque Regional del Curso Medio del Río Guadarrama y su Entorno, cuya creación tenía como objetivo la conservación de los recursos hídricos y la regeneración y mejora de los ecosistemas fluviales y asociados al bosque de galería.

Según Enrique López, representante de Ecologistas en Acción, "los ayuntamientos están permitiendo y fomentando un crecimiento urbanístico incontrolado que etá haciendo del río un auténtico pasillo de ladrillos y cemento".

López agregó que, además de los ayuntamientos, "la Confederación Hidrográfica del Tajo y la Consejería de Medio Ambiente son responsables de la pésima situación en la que se encuentra el río".

La organización ecologista reivindica una recuperación de los valores naturales del río, a través de la aplicación de la legislación sobre vertidos y calidad de las aguas, contratando el suficiente personal técnico y demostrando la voluntad plítica necesaria para el mantenimiento del ecosistema del Guadarrama.

Ecologistas en Acción ya ha presentado su estudio a la Consejería de Medio Ambiente, con la esperanza de que tome medidas para poner freno a las agresiones que sufre el río y para aplicar un Plan de Saneamiento Integral en la cuenca del Guadarrama.