El resto de la financiación de ls contratos programa, que asciende globalmente a 7.192.660.000 pesetas, corresponde a las instituciones en las que se lleva a cabo las actividades de cada contrato. Esta línea de financiación tiene por objeto la regulación del marco de cooperación en el sistema regional de investigación científica e innovación tecnológica.

Las universidades con las que la Consejería de Educación firmará contratos programa plurianuales son la Universidad Complutense de Madrid, la Universidad Autónoma de Madrid, la Univrsidad Politécnica de Madrid, la Universidad Rey Juan Carlos, la Universidad Carlos III y la Universidad Nacional de Educación a Distancia.

Las entidades dedicadas a la investigación y la innovación empresaril que recibirán ayudas para sus líneas de actividad son: el Instituto Nacional de Técnica Aeroespacil (INTA), el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC), la Confederación de empresarios de Madrid (CEOE-CEIM), el Centro Tecnológico de Madrid (CETEMA), el Centro de Investigaciones Enegéticas, Medioambientales y Tecnológicas (CIEMAT), el Instituto de Salud Carlos III y el Hospital Gregorio Marañón.

En cuanto a los programas que serán objeto de financiación conjuntamente por la Consejería de Educación y las instituciones mencionadas figuran el programa de grupos estratégicos, de doctorado, de infraestructuras, de cultura científica, de comercialización e internacionalización, de creación de empresas de base tecnológica, el programa de vivero virtual de creación de empresas y el progama de indicadores de investigación tecnológica de la CAM.