En virtud de ese decreto se constituirá una fundación en los Hospitales de La Paz, Ramón y Cajal, La Princesa, Puerta de Hierro, Clínico San Carlos, Doce de Octubre, Getafe, y Príncipe de Asturias, con el objetivo de promover la investigación científico-técnica, la formación y la docencia en el área de las Ciencias de la Salud.

La finalidad de las Fundaciones de investigación es gestionar programas y proyectos iomédicos y clínicos que contribuyan a la protección y promoción de la salud y al progreso y mejora del sistema sanitario de la Comunidad de Madrid.

Entre otras, estas fundaciones desarrollarán actividades de promoción y coordinación de programas de investigación científica, facilitarán la labor de coordinación del personal investigador con las distintas universidades e instituciones relacionadas con la Biomedicina y las Ciencias de la Salud, proyectarán a la sociedad y al entorno sanitario los avance, la información y la experiencia, y promoverán la óptima utilización de los recursos disponibles, la garantía del principio de legalidad en el desarrollo de los proyectos y la financiación y la gestión de los mismos.

La dotación inicial de cada una de las fundaciones será de 30.000 euros y el patronato será su órgano de gobierno, representación y administración, del que formarán parte los directores gerentes de los hospitales, los presidentes de los Comités de Ética e Investigación Clínica, de las Coisiones Científicas y de los Consejos Asesores.

En cada Fundación habrá dos vocales, uno designado por la Agención de Formación, Investigación y Estudios Sanitarios "Pedro Laín Entralgo" de la Consejería de Sanidad y otro por el rector de la Universidad del área de referencia del Hospital (Autónoma, Complutense, Alfonso X el Sabio y Alcalá de Henares) .

En los Estatutos se prevé la figura del director de la Fundación, nombrado por el Patronato, a propuesta de su presidente, que será el encargado e dirigir el funcionamiento de los servicios y realizar el seguimiento de las actividades controlando su desarrollo. Asimismo se crean las Comisiones Científicas como órganos de asesoramiento para la elaboración, seguimiento y evaluación de los Planes de Investigación.