El Museo Monográfico de Complutum, como así se llamará, se ubicará en el actual Museo Arqueológico del Juncal. Antes, deberá entrar en funcionamiento el nuevo Museo Arqueológico de la Comunidad de Madrid en el edificio del antiguo convento de la Madre de Dios, donde se pretenden reunir todas las colecciones de la región.

Además de estos dos museos, el convenio entre ambas administraciones contempla la adecuación como punto visitable de la Casa de ippolytus y las ruinas conocidas como Zona Forense de Complutum.

Ayuntamiento y Comunidad fomentarán las investigaciones y publicaciones arqueológicas sobre el pasado romano de Alcalá y también se comprometen a crear un parque arqueológico en la Villa del Val, en esta ciudad.