El centro, que será referencia internacional en la aplicación de la Convención de Patrimonio Mundial, estará gestionado por la Sociedad Regional de Educación, Cultura y Deporte del Gobierno de Cantabria. Además, contará con la participación del Museo Nacional y Centro de Investigación de Altamira, museo de titularidad estatal gestionado por el Ministerio de Cultura y Deporte, como centro principal de investigación y divulgación del arte rupestre, asumiendo su dirección científica.

Los Presupuestos Generales del Estado 2022 ya incluyen una partida de 50.000 euros destinada a la Sociedad Regional de Educación, Cultura y Deporte para gastos de funcionamiento del Centro.

La elección de España como país para acoger este Centro fue aprobada por resolución de la Conferencia General de la Unesco, adoptada en su 35ª reunión en París en otoño de 2011. El motivo fue temático, pues se trata del país con más arte rupestre incluido en la Lista de Patrimonio Mundial.

La suscripción del convenio entre el Ministerio de Cultura y Deporte y el Gobierno de Cantabria es el paso previo a la posterior firma del acuerdo entre el organismo de Naciones Unidas y el Gobierno de España para la efectiva implantación del Centro Internacional sobre el Arte Rupestre y la Convención del Patrimonio Mundial.

Los Institutos y Centros de Categoría 2 sirven como polos que reúnen expertos internacionales o regionales y brindan asistencia técnica y servicios a los Estados miembros, los socios y la Unesco. Además, a través de sus actividades, fomentan la investigación, y apoyan las actividades mundiales, regionales, subregionales o interregionales llevadas a cabo por la Unesco y otras organizaciones.