El Programa Anual contiene las estadísticas para fines estatales que han de llevarse a cabo por los servicios de la Administración General del Estado o entidades dependientes de la misma.

Este programa está integrado por 297 estadísticas, de las que 97 corresponden al INE, 4 al Banco de España y las restantes a otros organismos dependientes de los distintos miniserios.

Además de la Encuesta de Discapacidades, las principales novedades del Programa Anual 1999 son el Censo Agrario 1999, la Encuesta de Fecundidad, la Encuesta de Comercio al por Mayor, la Encuesta de Estructura de las Empresas de Restauración y la Encuesta de Ocupación en Alojamientos Rurales.

Igualmente, se harán tres nuevas encuestas de servicios (Servicios Prestados a la Comunidad, Servicios Personales y Servicios en el Sector de Telecomunicaciones) y se implantará un nuevo sistema de cuetas nacionales en la Contabilidad Nacional, Trimestral, Regional y Cuentas Financieras.