Garzón se halla temporalmente fuera del caso debido a que los abogados de Batasuna han presentado una recusación contraél, la cual debe ser resuelta por su sustituto natural, Ruiz Polanco. Además, este magistrado debe encargarse de los casos de su compañero hasta que se resuelva el incidente.

Los procesados consideran que los hechos de los que les acusa Garzón son falsos e insistieron en que no pertenecen a ninguna banda armada.

Señalaron también que Gestoras Pro Amnistía es una organización que lleva mucho tiempo trabajando por defender los derechos de los presos y denunciando su vulneración.

Según el auto e procesamiento dictado por Garzón, Gestoras Pro Amnistía, "desde su inicio, ha sido una organización creada, diseñada, desarrollada, impulsada y financiada por ETA, como un mecanismo ideal para desarrollar aquellas formas complementarias de lucha, en especial en el denominado 'frente de makos' (presos)".

Además de las campañas de apoyo a presos de ETA, el juez sostiene que Gestoras Pro Amnistía lleva a cabo también "el señalamiento de víctimas y colectivos, y la captación de militantes para la estrucura armada (...)".

Garzón entiende también que Gestoras Pro Amnistía "recaba datos trascendentes para la seguridad interna de ETA, extrayéndolos de los procedimientos penales en los que sus militantes están incursos, a través de los abogados de su bufete".

Asimismo, el juez considera acreditado que las actividades de Gestoras Pro Amnistía son controladas por Ekin, la sucesora de la ilegalizada KAS, que, para canalizar sus relaciones exteriores, aprovecha "la aparente caracterización humanitaria d GGAA (Gestoras Pro Amnistía) y sus relaciones internacionales en el ámbito de la denuncia de sus presuntas conculcaciones de derechos y libertades".