Para Garzón, Xaki es una asociación aparentemente legal, si bien sus objetivs "quedan lejos de las auténticas finalidades sociales o humanitarias que pregonan". Para el magistrado, la asociación es en realidad un "instrumento de cohesión de los distintos militantes de la organización terrorista ETA que se hallan en diferentes países para mantenerlos vinculados a la misma y controlar las finanzas".

En su resolución, de 44 páginas, el titular del Juzgado Central de Instrucción número 5 de la Audiencia Nacional sostiene que "las actividades desarrolladas por la Asociación Xaki, u estructura y sus integrantes son, en unos casos, decididos por ETA y, en otros casos, consultados o comunicados a la banda terrorista". Además, añade que quienes integran la mencionada asociación "participan en las actividades consideradas ilícitas y, en todo caso, propias de la banda terrorista".

Garzón se basa en diversa documentación incautada a presuntos miembros de ETA, de la que se traduce la evolución de los distintos órganos que la banda terrorista creó para llevar a cabo su "política interncional" y que desembocaron en el nacimiento de Xaki como "verdadero Ministerio para las relaciones exteriores" de los etarras.

Para el magistrado, "la evidencia más clara de la instrumentalidad por ETA y falta real de objeto de Xaki es la ausencia de actividad real por parte de la asociación, desde el momento en el que se desarticuló el entramado tras la detención de Mikel Egibar y el resto de integrantes de la misma".

Por su presunta relación con Xaki se encuentran procesadas un total de 10 persnas, entre quienes se encuentran el responsable de la asociación, Mikel Gotzon Egibar Mitxelena, así como Jokin Gorostidi, ex miembro de la Mesa Nacional de HB; Iñigo Elkoro, responsable de Relaciones Internacionales de Gestoras pro-Amnistía; y Mikel Gotzon Korta, considerado un histórico dirigente de la misma organización.