En la Cuenca del Júcar, el ministerio asigna caudales mínimos pormotivos medioambientales en los embalses de Ulldecona, Sichar, Benageber, Lorigilla, Alarcón, Contreras, Tous y Beniarrés.

El Plan Hidrológico de la Cuenca del Ebro cotempla aspectos de erosión, salinidad, espacios naturales, caudales, volúmenes y condiciones ecológicas mínimas, calidad del agua para aguas superficiales y subterráneas, vertidos, tratamiento de aguas residuales urbanas, zonas sensibles y definición de áreas de protección en lagos, lagunas, ríos y riberas.

En la Cuenca del Segura, e ha fijado un caudal mínimo medioambiental en la parte baja del río Segura, que hará posible la regeneración de este tramo, actualmente degradado.

El Plan Hidrológico de la Cuenca del Tajo recoge, según el ministerio, una solución medioambiental satisfactoria para todas las partes del contencioso entre las diferentes comunidades implicadas en el trasvase Tajo-Segura.

En la Cuenca del Sur, los objetivos medioambientales se centran en los programas para la lucha y eliminación de la contaminación, ormas para la ordenación de vertidos y normas para la protección de la calidad del agua frente a la contaminación difusa.

Los efectos medioambientales de la Cuenca del Duero recogen que el futuro embalse de Casares del Río, en el que se invertirán 2.000 millones de pesetas, garantizará el caudal ecológico del río Bernesga.

Los Planes Hidrológicos del Norte I, II y III obligan a dejar en los ríos como mínimo un caudal del 10 por ciento del medio anual o el que lleve el río si es menor, y a recuperr la calidad de las aguas de los ríos para lograr mejores salmónidos, salvo en unos pocos del País Vasco, donde el objetivo de calidad es sólo de ciprínidos.

Por su parte, el Plan Hidrológico del Guadiana I y II recoge programas de integración ambiental y social de infraestructuras, de fomento del uso social de los embalses, de recuperación y ordenación de márgenes y riberas, de adecuación ambiental de canales y caminos de servicios y de puntos y áreas de interés didáctico.

Finalmente, para la Cunca del Guadalquivir se han establecido objetivos de calidad, protección, conservación y restauración del dominio público hidráulico, protección de zonas húmedas, definidos de zonas sensibles y vulnerables y conservación de suelos y corrección hidrológica forestal.