De acuerdo con el texto del Convenio, el Ayuntamiento de Portugalete gestionará la adjudicación y realización de las obras hasta la puesta en funcionamiento del Museo. Por su parte, el Ministerio de Educación, Cultura y Deporte participará en la financiación a través de la Gerencia de Infraestructuras y Equipamientos de Educación y Cultura.

La financiación máxima a aportar por el Ministerio será de 841.420 euros distribuidos de la siguiente forma: 261.420 euros en el año 002 y 580.000 euros en 2003.

La Casa del Mar es un edificio con semisótano, dos plantas, dos entreplantas y torre, de los que el Museo ocupará la primera planta, la entreplanta segunda, la segunda planta y la torre, con una superficie aproximada de 1.182,71 metros cuadrados, y la terraza de 59,28 metros cuadrados. El resto del edificio está ocupado por el Club de Remo de Portugalete.