La orden de arrestar a Mancisidor partió del Juzgado Central de Instrucción número cinco de la Audiencia Nacional. Según fuentes de la lucha antiterrorista, Mancisidor pdría estar vinculado a la infraestructura de ETA desde hace bastante tiempo.

El dispositivo para detener a Mancisidor se inició sobre las tres y media de la madrugada, cuando unos veinte o treinta números uniformados y de paisano empezaron a llegar a Andoain.

Los agentes entraron en la casa de los padres de Mancisidor y registraron el inmueble. Al no encontrarle, procedieron a buscarle por los bares de la zona. El joven fue detenido, finalmente, en el barrio de Sorabilla, a la salida de una discoeca, cuando iba en un coche en compañía de Lucas Sarasola.

Conducidos a la Comandancia de la Guardia Civil en el barrio del Antiguo de San Sebastián, Sarasola fue puesto en libertad, mientras que Koldo Mancisidor fue trasladado a dependencias policiales en Madrid.