El trazado aprobado por el Ministerio de Fomento contraviene las indicaciones del Ministerio de Medio Ambiente, que emitió una declaración de impacto en la que desconsejaba el trazado que discurre junto a la Sierra de Guadarrama, elegido por el departamento de Arias-Salgado, y proponía aprovechar el de la actual carretera Villacastín-Avila.

Para las organizaciones que han presentado la queja, la postura de omento "es muy grave, pero no nueva, pues es frecuente que opte por trazados de infraestructuras que afectan más que otras posibles opciones a la conservación de la naturaleza, desoyendo informes de los científicos y del Ministerio de Medio Ambiente".

Los conservacionistas pusieron como ejemplo otro proyecto de autopista, la que unirá la A-6 con Segovia, donde Fomento volvió a optar por otra alternativa que desaconsejó Medio Ambiente.