Según este acuerdo, el tren discurrirá por un pasosubterráneo desde Móstoles Central, punto de partida de la nueva infraestructura y conexión con Metrosur y Cercanías-Renfe, hasta el cruce con la carretera A-5.

Posteriormente, el trazado continuará en superficie hasta el Parque Coimbra para finalizar en Navalcarnero, donde tendrá dos paradas: una en la entrada del municipio, donde se prevé un importante desarrollo urbanístico, y otra en el casco urbano de la localidad, que el tren atravesará también de forma subterránea.

La inversión prevista será de aproximadamente 190 millones de euros, sin que el soterramiento de las vías a su paso por Móstoles, valorada en 50 millones, tenga un "sobrecoste" para el proyecto, ya que se financiará mediante los propios aprovechamientos urbanísticos que genere el enterramiento de la línea y la consiguiente recuperación de los terrenos.

Además de este acuerdo, ambas administraciones firmaron otro convenio para crear una plataforma logística de transporte, que sea centro de conexión del tránsito de mercancías entre Madrid y el corredor de Lisboa.