Auger, que participó en un curso de la Universidad Complutense sobre "La Audiencia Nacional y la estructura orgánica de los tribunales", señaló que "la ley de secretos oficiales es una ley que necesita darle una nueva redacción, sobre todo para que no suponga una imposibilidad de una tutela judicial efectiva".

En opinión del máximo responsable de la Audiencia Nacional, la declaración de los diputados de la Comisión de Secretos Oficiales ante el instructor del "caso Lasa yZabala", en caso de producirse, "no implica por parte de las personas llamadas como testigos la obligación de declarar bajo secreto profesional, y ello no lleva desobediencia al tribunal".

Preguntado por el enfrentamiento en el seno de la Fiscalía de la Audiencia Nacional, Clemente Auger consideró que "aunque funciona el principio de jerarquía, ese principio no significa que pueda (la decisión del fiscal Jesús Santos) considerarse sin más como desobediencia".

Auger añadió que "el artículo 25 del statuto del Ministerio Fiscal permite al Ministerio Fiscal hacer la exposición que estima oportuna para dar al tribunal un marco referencial de reflexión mayor que el de la propia acusación".

Por otra parte, sobre la intención del Gobierno de crear la figura de un superjuez que controle ciertas acciones del CESID, Auger opinó que "convertir a un juez en el superjefe del CESID no es muy propio de nuestra cultura, que no está muy capacitada para eso".