El Cndes coordina desde 2018 el sistema de personas desaparecidas empleado por las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad y colabora con las Administraciones Públicas y otras instituciones y organizaciones públicas y privadas habilitadas, tanto nacionales como internacionales en la difusión de avisos, alertas o peticiones de colaboración a la población. La página web del centro ha distribuido en cuatro años más de mil alertas de personas desaparecidas.

Desde su creación, este centro gestiona el Sistema de Personas Desaparecidas y Restos Humanos Sin Identificar (PDyRH). Este sistema innovador, en el que trabajan todas las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad (Policía Nacional, Guardia Civil, Policía Foral de Navarra, Ertzaintza y Mossos d´Esquadra), ha registrado desde su implantación en 2010 más de 200.000 denuncias de personas desaparecidas, con una tasa de resolución de alrededor del 95 por ciento de los casos.

El Cndes, resalta Interior, ha impulsado en estos años la firma de acuerdos y convenios de colaboración para mejorar los procedimientos y herramientas de investigación que ayuden a la localización de las personas desaparecidas y a la atención a sus familias.