La reserva se extiende por aguas exteriores e interiores, quedando protegidas las exteriores mediante una orden del MAPA y las interiores por un decreto pactado entre este ministerio y la Región de Murcia.

Independientemente de lo objetivos genéricos de protección que persiguen las reservas marinas, en este caso se intenta conservar la pradera de la planta marina endémica del Meditérraneo posidonia oceánica, además de favorecer la regeneración de especies de interés pesquero en esta zona del Mediterráneo.

En el interior de la zona protegida se crea una reserva integral en el entorno de la Isla Hormiga, el Bajo el Mosquito y los islotes el Hormigón y la Losa, en la que se prohibe todo tipo de pesca marítima y la extracción de fora y fauna marina, salvo las autorizadas expresamente para fines científicos.

En el resto del espacio marino se permite el ejercicio de la pesca maritíma profesional con las artes y aparejos tradicionales en la zona para la captura de especies pelágicas.

Con la de Cabo de Palos-Islas Hormigas, son ya siete las reservas marinas en la geografía española. Las seis restantes son: Islas Columbretes, gestionada por el MAPA; la de Isla de Tabarca y la que forman Isla Graciosa e Islotes del Norte de Lanarote, cuya gestión recae en el MAPA y el Gobierno canario, y Fondos de Islas Medas, Fondos de Cap Negre y Cabo de San Antonio, gestionadas exclusivamente por las comunidades autónomas.

Además, está en proceso la creación de la Reserva Marina de la Punta de la Restinga-Mar de las Calmas, en Isla de Hierro, con una extensión estimada de 7,5 kilómetros cuadrados.