El objeto del protocolo consiste en establecer un marco de colaboración a fin de aunar esfuerzos y coordinar la asistencia financiera, técnica y científica para desarrollar proyectos, programas y acciones de cooperación al desarrollo en los sectores de conservación y uso sostenible de la biodiversidad.

Asimismo, el convenio tiene como objetivo llevar a cabo actuaciones de impulso del desarrollo sostenible a través de la declaración y gestión de áreasprotegidas, la investigación, la capacitación, la educación y concienciación pública, el intercambio de información y la cooperación científica y técnica.

El Gobierno foral se compromete a desarrollar o financiar, total o parcialmente, proyectos de cooperación al desarrollo en Bolivia, fundamentalmente a través de organizaciones no gubernamentales, aunque en casos excepcionales podrá hacerlo directamente o mediante otros agentes.

Navarra contribuirá además a la formación de personal en materia debiodiversidad y a la difusión de los valores naturales y culturales del Oriente boliviano, así como a la promoción del turismo en la naturaleza y aquellas otras alternativas económicas de uso sostenible de la biodiversidad.

Por su parte, la Administración boliviana facilitará, dentro de sus posibilidades, medios materiales, documentales y permisos para el cumplimiento del protocolo.