Entre las sombras de su mandato figuran los derrumbes en las obras del AVE a Barcelona, los problemas con el servicio de cercanías de la ciudad condal, la suspensión de actividades de Air Madrid, la ocupación de las pistas en el aeropuerto de El Prat por parte de trabajadores o el caos en Barajas tras las nevadas del 9 de enero de este año.

Álvarez, quien pasó a Fomento tras ocupar la Consejería de Economía de la Junta de Andalucía, formaba parte del equipo de Zapatero desde que ganó las elecciones en marzo de 2004.

Entre las luces de su mandato destacan la puesta en marcha de la T-4 del Aeropuerto de Barajas y de las líneas AVE a Barcelona, Málaga y Valladolid.

Asimismo, deja casi terminada la nueva Terminal del aeropuerto de El Prat. También deja pendiente el nuevo sistema aeroportuario que dará entrada al capital privado y a los gobiernos autonómicos en la gestión de Barajas o El Prat.

Quedan en el recuerdo sus enfrentamientos en el Congreso con diputados del PP, especialmente con el portavoz de Fomento del Grupo Parlamentario Popular, Andrés Ayala o frases como que el Ministerio "no es una agencia de viajes", pronunciada en una rueda de prensa con motivo del caso Air Madrid, compañía a la que se retiró la licencia.