Aedenat se constituyó el 29 de octubre de 1976, fecha en la que se firmó el acta fundacional de la Asociación de Estudios y Dfensa de la Naturaleza (Aeden), nombre original de la organización ecologista.

Desde entonces, la asociación ha desarrollado una intensa labor de coordinación y organización del movimiento ecologista y ciudadano, participando activamente en la reunión que dio lugar al Manifiesto de Daimiel en 1978, base de los manifiestos ideológicos del actual movimiento ecologista.

La organización ecologista Aedenat no es la que tiene mayor número de socios en España, alrededor de 5.500, pero se encuentra entrelas más activas y las que tienen mayor implantación a nivel estatal, ya que cuenta con 36 grupos locales distribuidos por distintas comunidades autónomas.

Además, la asociación ha destacado como impulsora y fundadora de numerosas coordinadoras y federaciones ecologistas, como la Coordinadora de Organizaciones de Defensa Ambiental (Coda) y la Federación de Amigos de la Tierra (FAT).