Además, el magistrado ha ratificado la orde de búsqueda y captura internacional que dictó el 30 de diciembre de 1999 contra 48 de los 98 militares argentinos a los que procesó un mes antes por la desaparición de españoles durante la citada dictadura.

Este caso comenzó en 1997, cuando el juez de la Audiencia Nacional Manuel García Castellón admitió a trámite la querella presentada por la Unión Progresista de Fiscales (UPF) contra Augusto Pinochet y otros mandatarios de las Fuerzas Armadas y de Seguridad de Chile por un presunto delito de genociio cometido durante la dictadura, concretamente, por la desaparición y asesinato de 4.000 personas.

Posteriormente, en 1998, Garzón se hizo cargo del caso, después de que García Castellón decidiera abandonar la investigación e inhibirse a favor del titular del Juzgado Central de Instrucción número 5, quien investigaba las desapariciones y asesinatos perpetrados en la dictadura de Argentina. Ambas causas se unificaron al tener nexos comunes, como la denominada "Operación Cóndor".