La cuenca del Guadiana, en la que están concentrados 24 de los 90 proyectos más dañinos, sería la más afectada por la construcción de estas presas.

El mism informe destaca el daño ambiental que ocasionarían los embalses de Labrada y Baltar (Lugo), Boeza (León), Caleao y Huerna (Asturias), Pas y Pisueña (Cantabria), Añarabe, Leitzarán, Leiza, Zaldibia y Aránzazu (Guipúzcoa) y el encauzamiento del río Limia (Orense), todos ellos en la cuenca del Norte.

Las especies más afectadas serían el azor, el gavilán, el águila calzada, el aguilucho cenizo, la perdiz pardilla, el sisón, el urogallo, el pico mediano, el pito negro, el desmán, el lirón gris, la nutria,el lobo, el gato montés, el corzo, el ciervo, el salmón, el bordallo, la bermejuela, el bargo de graells y la madrilla.

En la cuenca del Ebro cita los embalses de Itoiz, Oteiza y Arraiz (Navarra), Montearagón, Jánovas (Huesca), Val (Zaragoza), Rincón de San Antón (Teruel), Bárcena (Burgos) y Margalef (Tarragona).

En ese caso, las obras incidirían sobre las poblaciones de algunas rapaces en peligro de extinción, como el buitre leonado o el quebrantahuesos.

No obstante, el informe de "Quercus"señala que los otros 31 embalses contemplados en la cuenca del Ebro, en su mayoría dedicados al abastecimiento de nuevos cultivos de regadío, también dañarían hayedos, quejigares y bosques de ribera que presentan un importante valor ecológico.

El Plan Hidrológico del Júcar es el que registra menos actuaciones de este tipo, si bien la construcción de los embalses de San Miguel y Cedramán (Castellón), Pajaroncillo (Valencia) y Mora de Rubielos (Teruel), incidirían sobre diversas especies, entre ellas lamayor colonia de buitre leonado de la provincia de Castellón.

En el Duero, el documento denuncia el impacto que ocasionarían los embalses de Omañas (León), Vidrieros (Palencia), Lastras (Segovia) Torreiglesias y Bernardos (Segovia) y Fuenteguinaldo (Salamaca).

Sin embargo, al menos dos de ellos (Omañas y Vidrieros) no quedarán incluidos probablemente en el Plan Hidrológico Nacional, ya que el Ministerio de Obras Públicas y Transportes considera que existen otras alternativas menos costosas y más espetuosas con el ecosistema.

El Plan Hidrológico de la cuenca del Tajo contiene nueve proyectos que, según el estudio, causarían un impacto especialmente grave: el embalse de Monteagudo (Avila), Tres Juntas (Cáceres), Atance, Matallana y el Pozo de los Ramos (Guadalajara), Cofio y Alberche (Madrid) y Martín Román (Toledo) y los recrecimientos de los embalses de Borbollón (Cáceres) y Rosario (Toledo).

La presa de Monteagudo amenazaría a un núcleo de águila imperial que supone el 6 por ciento de l población mundial de esta especie.

La del Guadiana es, según el informe, la cuenca más afectada, ya que menciona 24 proyectos, entre los que cabría resaltar el embalse de Sierra Bermeja (Badajoz), el de Riscos de Higuela (Badajoz), el recrecimiento del embalse de Torre de Abraham (Ciudad Real) y los embalses de Agudo (Ciudad Real) y Las Cruces (Badajoz).

Los embalses previstos para la cuenca del Guadalquivir anegarían grandes extensiones de encinar adhesado, alcornocales y monte mediterráneo, esecialmente los de Melonares, La Puebla, Guadiamar y Morón (Sevilla), Velillos (Granada), Portillo (Granada), Breña y Guadalora (Córdoba), Ubeda la Vieja (Jáen), Acíscar (Cádiz) y Guadiaro-Majaceite (Málaga).

En la cuenca del Sur destacan los proyectos de construcción de los embalses de Guadaiza, Guadalmina y Guadalmansa, Hozgarganta, Alaminos, Genal Alto y Genal Bajo y Alcaucín (Málaga) y Rules y Narila (Granada).

Finalmente, en la del Segura menciona los de Cañaverosa, Puentes, Campo de San Juany Benamor (Murcia), la construcción de diques en la laguna de La Meta y el recrecimiento del embalse del Hondo (Alicante).