En el Consejo Nacional del Agua estarán representados la Administración General del Estado; las comunidades autónomas; los entes locales; los organismos de cuenca; las organizaciones profesionales y económicas relacionadas con los distintos usos del agua; las organizaciones sindicales y empresariales y las entidades sin fines lucrativos.

Además, el texto incluye en la Comisión Permanente a un amplio espectro de los grupos que componen el Pleno del Consejo Nacional del Agua y que hasta ahora no tenían representación en este órgano. De este modo, se incorporan a la composición de la Comisión Permanente un representante de los siguientes vocales designados: grupos ecologistas, organizaciones empresariales, organizaciones sindicales, organizaciones profesionales agrarias y grupos ecologistas.

El Consejo Nacional del Agua funcionará en Pleno o en Comisión Permanente. Además, el Pleno podrá acordar la constitución de comisiones especiales para el estudio e informe de los asuntos que decida encomendarles.

El Pleno está integrado por el presidente, que será la titular del Ministerio de Medio Ambiente y Medio Rural y Marino, tres vicepresidentes, los vocales natos, los vocales designados, los vocales electivos y el secretario general.

Por otro lado, el real decreto establece las materias sometidas a informe preceptivo del Consejo Nacional del Agua. Éstas son, entre otras, el proyecto del Plan Hidrológico Nacional; los planes hidrológicos de cuenca; los proyectos de las disposiciones de carácter general de aplicación en todo el territorio nacional relativas a la protección de las aguas y a la ordenación del dominio público hidráulico, y los planes y proyectos de interés general de ordenación agraria, urbana, industrial y de aprovechamientos energéticos o de ordenación del territorio antes de su aprobación por el Gobierno, en tanto afecten sustancialmente a la planificación hidrológica o a los usos del agua y las cuestiones comunes a dos o más organismos de cuenca en relación con el aprovechamiento de recursos hídricos y demás bienes del dominio público hidráulico.