Según el juez, la dirección de Fitonovo SL habría creado "una infraestructura tanto operativa como contable destinada a obtener contratos públicos irregulares, habilitando la estructura comercial de la empresa para conformar una red de contactos con funcionarios corruptos que les facilitaban dicha contratación, creando además una contabilidad paralela que se nutría de facturación falsa para, entre otros fines, financiar el pago de sobornos a funcionarios públicos".

Al mismo tiempo, señala De la Mata, habrían creado una trama societaria que, en paralelo a una actividad comercial legal, se habría ocupado de acaparar contratos públicos usando medios ilícitos, causando grave daño al interés público, por cuanto pervirtieron numerosos procedimientos de contratación en detrimento de las arcas, del interés público en una adecuada prestación de los servicios, además de un grave daño al orden socioeconómico al perjudicar a las sociedades que de forma legal pretenden participar en la contratación, "pero que no tienen posibilidad de resultar adjudicatarias al estar en franca desventaja por las prácticas corruptas de la trama"•

Según los datos de la investigación, Fitonovo era una empresa dedicada en la teoría a la consultoría ambiental, que en el eje de la supuesta trama de corrupción, pagó presuntamente dádivas por 4,3 millones de euros y se nutrió de facturas falsas.

En la pieza separada "Delegaciones Territoriales y Administraciones Locales I", el juez propone juzgar a 12 personas delitos de cohecho, fraude a las administraciones públicas, falsedad en documento mercantil y malversación de caudales públicos en relación con las actividades que la empresa Fitonovo y su estructura directiva y comercial llevaron a cabo con distintas autoridades, funcionarios públicos y proveedores relacionados con las Delegaciones Territoriales (Ministerio De Fomento en Cádiz, Huelva y Andalucía Occidental) y Administración Locales como la Diputación de Sevilla, Diputación de Jaén, Diputación de Córdoba y Ayuntamiento de La Carolina.

En otra de las piezas, denominada "Administraciones Autonómicas e Insulares", el magistrado procede contra 13 personas por delitos de prevaricación, cohecho, fraude a las administraciones públicas, falsedad en documento mercantil y malversación de caudales públicos por las actividades que Fitonovo y su estructura directiva y comercial llevaron a cabo en administraciones de las comunidades autónomas de Islas Canarias, Extremadura y Andalucía.

Otra de las piezas que ahora pasa al trámite de procedimiento abreviado es la relativa a ADIF, en la que el juez propone sentar en el banquillo a otras 15 personas por los mismos delitos que en la pieza anterior por las actividades que la empresa Fitonovo llevó a a cabo con distintas autoridades, funcionarios públicos y proveedores relacionados con ADIF.

Una cuarta pieza, denominada "Delegaciones Territoriales y Administraciones Locales II (Ayuntamiento de Algeciras)" investiga las actividades de Fitnovo con distintas autoridades, funcionarios públicos y proveedores relacionados con ese consistorio gaditano. El juez propone juzgar por delitos de prevaricación, cohecho y fraude a las administraciones públicas a un total de nueve personas.

En otra resolución el titular del Juzgado Central de Instrucción 5 acuerda la transformación de las diligencias en procedimiento abreviado de la pieza separada "Delegaciones Territoriales y Administraciones Locales III (Ayuntamiento de Sevilla)". En esta investigación, De la Mata propone juzgar a 17 personas por delitos de prevaricación, cohecho, fraude a las administraciones públicas, falsedad en documento mercantil, malversación de caudales públicos y tráfico de influencias.