Funcionario del Cuerpo Técnico Superior del Ministerio de Trabajo y Seguridad Social, sus inquietudes sociales y culturales le llevaron al activismo político y, en su caso, a una larga militancia en el Partido Socialista, de la que nunca abjuró, aunque por imperativo legal debiera abandonarla al incorporarse al Defensor del Pueblo.

En la trayectoria política de Manuel Aguilar destaca que de enero a junio de 1983 fue consejero de Sanidad y Bienestar Social del ente preautonómico de la Comunidad de Castilla-La Mancha, y en las elecciones municipales de ese mismo año fue elegido concejal del Ayuntamiento de Albacete. También desde 1983 fue diputado al Congreso por Albacete, durante la II Legislatura de las Cortes Generales. En esta Cámara formó parte de la Comisión de Política Social y Empleo y fue ponente de la Ley General de Cooperativas.

En la III, IV, V y VI Legislaturas (1986-2000) fue elegido senador por Albacete, desempeñando sucesivamente los cargos de portavoz adjunto del Grupo Socialista del Senado, secretario primero de la Cámara y vicepresidente segundo del Senado. En 2000 concurrió de nuevo como candidato a las elecciones generales en Albacete, pero esta vez para el Congreso de los Diputados, siendo elegido diputado por dicha circunscripción para la VII Legislatura.

Sin embargo, unos meses después de la constitución de la Cámara, Manuel Aguilar decidió abandonar la vida política e incorporarse al Defensor del Pueblo como adjunto segundo en junio de 2000. Enrique Múgica, recién elegido nuevo defensor por las Cortes Generales, propuso que María Luisa Cava de Llano y él fueran los adjuntos de la institución y el Parlamento aceptó su propuesta por unanimidad.

En el Defensor, Manuel Aguilar, dada su mayor experiencia en las materias de índole social, se hizo cargo de dirigir la tramitación e investigación de las quejas formuladas por los ciudadanos y de las actuaciones iniciadas de oficio en las áreas de Sanidad, Trabajo y Política Social, Educación y Cultura, Medio Ambiente, Vivienda y Urbanismo, y Función y Empleo públicos, así como preparar y proponer al Defensor del Pueblo el informe anual y los informes extraordinarios que debieran elevarse a las Cortes Generales sobre las materias relacionadas con dichas áreas.

En 2005, Enrique Múgica fue reelegido para el cargo de Defensor del Pueblo y con él se mantuvo Manuel Aguilar como adjunto segundo encargado de las áreas sociales hasta el final de su mandato, e incluso durante la larga interinidad producida tras su cese.

Tras su larga etapa defensorial, desde 2012 Manuel Aguilar desempeñaba su trabajo como funcionario en el Tribunal de Cuentas, donde le ha sorprendido la enfermedad que ha acabado con su vida el 2 de noviembre de 2015.

La defensora del Pueblo, los actuales adjuntos de la institución, el secretario general y todo el personal de la misma expresan en el comunicado a su familia y amigos sus más profundas condolencias y rendir homenaje a su memoria.