La actividad del este centro se centrará en las necesidades biosanitarias de las Fuerzas Armadas como medicina preventiva, bromatología, ingeniería médica, inteligencia militar, telemedicina y medicina en ambientes extremos, entre otras.

El Iibfas se concibe como una estructura funcional de investigación biomédica multidisciplinar para la transferencia de los conocimientos a la realidad clínica y necesidades logísticas, asistenciales y preventivas.

Este tipo de investigación transaccional es posible en instituciones que combinan los conocimientos y técnicas denominadas básicas, su calidad de asistencia y desarrollo teniendo presente las peculiaridades de las acciones de campo de la sanidad militar, cuyo personal actúa en condiciones muy distintas a las habituales de la sanidad civil.

El nuevo Instituto estará abierto a los investigadores de todos los centros del Ministerio de Defensa y de la Universidad de Alcalá que tengan relación con la biomedicina y las ciencias sanitarias.

El Iibfas facilitará que científicos que trabajan en el centro establezcan relaciones con el Hospital Central de la Defensa Gómez Ulla y con los centros asistenciales y sanitarios dependientes de la Igesan como los Hospitales de la Defensa de Zaragoza y San Fernando, Centro Militar de Veterinaria, Centro Militar de Farmacia, Centro de Instrucción de Medicina Aeroespacial y el Centro de Transfusión de las FAS.

Otra de las líneas prioritarias de trabajo será la creación de una estructura de red virtual de investigación en biomedicina militar en conexión con otros centros españoles y europeos y con organismos internacionales como la OTAN.