Los incendios forestales, la acción de los hervíboros, el excesivo pastoreo, la urbanización, las prácticas agrícolas degradantes y la recolección selectiva son las amenazas más importantes para estas espcies de flora.

Una de las especies más amenazadas es la "Artemmisia granatensis", conocida como manzanilla real, que se encuentra en el Parque Natural de Sierra Nevada, uno de los principales enclaves botánicos de toda la península.

Estas 36 especies forman parte de las 152 que son exclusivas de esta comunidad. Además, en las sierras de Jaén, especialmente a la altura de Cazorla, Segura y Mágina, otras cuatro especies endémicas se encuentran amenazadas por la excesiva población de muflones y gamo, o bien por los recolectores que las arrancan para su comercialización.