Tras la aprobación del sistema en la Cumbre de la OTAN de Lisboa (2010), en en la reunión del Comité Bilateral de Defensa de Alto Nivel en enero de 2011, Estados Unidos solicitó formalmente el despliegue en Rota de cuatro destructores de su Armada, dotados del sistema de radares Aegis que necesita el sistema. El Consejo de Ministros lo autorizó el 7 de octubre de 2011, y, tras meses de negociaciones para concretar sus términos, el Segundo Protocolo de Enmienda se aprobó en el Consejo del 5 de octubre de 2012 y se firmó en Bruselas cinco días después.

El texto modifica el Convenio para incluir las instalaciones de apoyo necesarias para el estacionamiento permanente de los cuatro buques y sus tripulaciones, algo que no se contempló en 1988. Al el Convenio y sus dos protocolos se les otorgó un período de vigencia de ocho años que se prorrogará anualmente salvo notificación en contra seis meses antes de expirar el plazo.