Fernández fue secuestrada el 23 de octubre de 2011 junto a los también cooperantes Eric Gonyalons y Rossella Urru, de nacionalidad italiana. El juez Pedraz tiene la intención de tomar asimismo declaración, también en calidad de testigo, a Gonyalons en una fecha todavía por determinar, según señalaron fuentes jurídicas.

Los secuestradores, miembros del Movimiento para la Unidad y la Yihad en África Occidental (Mujwa), entraron en el campamento en un todoterreno y realizaron un ataque en el que resultaron heridos Gonyalons y un guardia saharaui. Pedraz decidió abrir una investigación por un delito de detención ilegal tras ser informado del rapto.

El MUJWA dio a conocer en diciembre de 2011 un vídeo en el que se podía ver a los tres cooperantes con vida. Fernández, Gonyalons y Urru fueron finalmente liberados el pasado 18 de julio en el norte de Mali.