De acuerdo con la versión facilitada por los religiosos que residen en la basílica donde se encuentran los restos mortales del ex dictador y del líder falangita José Antonio Primo de Rivera, a esa hora oyeron "un gran estruendo", a pesar de lo cual no avisaron a las fuerzas de seguridad.

De acuerdo con el resultado de las primeras pesquisas policiales, el origen de la explosión se atribuye a la activación de un artefacto de tipo de incendiario.

Según informó el instituto armado, a las siete de la mañana, en una llamada anónima al diario "El País", un individuo reivindicó en nombre de los Grapo la colocación de un artefacto en el interior del Valle de os Caídos. El comunicante dijo al empleado que recogió la llamada: "Escucha con atención. Sólo lo voy a repetir una vez. Vamos a atacar la Cruz de los Caídos".

El empleado del periódico se puso en contacto inmediatamente con el Cuerpo Nacional de Policía y éste con la Guardia Civil, ya que en un principio se produjo cierta confusión sobre si el presunto miembro de los Grapo se refería al Valle de la Cruz de los Caídos o a la confluencia de la calle Alcalá con Arturo Soria, en Madrid, donde se ubica unmonumento conocido como la Cruz de los Caídos.

Hacia las 8 de la mañana se presentó la primera patrulla de la Guardia Civil en el Valle de los Caídos, en el término municipal de El Escorial (Madrid), donde comprobó la existencia de una gran columna de humo que procedía del interior de la basílica donde está enterrado Franco.

Según las informaciones facilitadas por la Guardia Civil, los mayores daños producidos por la explosión afectaron el ala izquierda de la basílica, especialmente en un altar, n la sacristía y en algunos bancos, que resultaron quemados.