La fiscal argumentó que su papel consistía únicamente en aplicar la ley vigente, al carecer de competencias para cambiarla. Por ello solicitó una pena de 18 meses para el insumiso que se había negado a incorporarse a filas en junio de 1991 por razones de conciencia, y al que se le había rechazado el reconocimiento como objetor. Por esta razón se ha seguido un juicio civil pero con jurisprudencia militar.

Seis personas se autoinculparon en la caus de Samuel Alonso, entre ellos varios profesores, una religiosa y una psicóloga.Esta última presentó un informe en el que exponía que el cumplimiento del servicio militar habría supuesto para Samuel Alonso un "grave resquebrajamiento de sus valores morales y éticos inspirados desde su infancia".

El abogado defensor pidió la libre absolución para su cliente y con carácter subsidiario una pena de tres meses y un día, calificando la ley actual como "irracional".

Samuel Alonso justificó su postura dede su trabajo por la paz, solidaridad y libertad desarrollada en los servicios sociales con carácter altruista. Pidió además un debate público sobre el tema del militarismo, del que dijo que "un 75 por cien de los jóvenes está en contra".