Entre los cambios introducidos al texto propuesto, la Comisión debe tomar iniciativas para fortalecer la coherencia entre la política energética comunitria y las políticas medioambientales. También debe seguir una línea coherente con la imposición fiscal, los fondos estructurales, la investigación y el desarrollo, según las modificaciones propuestas por el Consejo y por el Parlamento Europeo.

Dentro de los programas antes propuestos por el Ejecutivo europeo se encuentra el ETAP, dedicado al estudio y previsión de la política energética en el futuro. También se halla el Synergy, específico de colaboración con terceros países en ámbitos de mutuo interé, y sobre todo en cooperación con países "prioritarios" por motivos políticos, económicos o por seguridad del abastecimiento de energía.

Otro de los programas, bajo el nombre de "Sure", pretende asegurar la calidad del transporte de material radiactivo dentro de la UE.