A pesar de ser hábitat de un ave prioritaria, la zona no era considerada de interés y había sido calificada de "urbanizable". España se ha comprometido a que los panes de ampliación de la playa no afecten a la zona.

Ante una pregunta de la eurodiputada socialista Maruja Sornosa sobre las obras de remodelación de la playa de El Marjal de Peñíscola, la Comisión ha solicitado a España que incluya esta zona en la lista de candidatas a entrar en la red Natura 2000, creada bajo la directiva 92/43/CEE, de protección de espacios naturales. En "El Marjal" habita una de las cuatro aves autóctonas de la especie "Valencia hispánica", considerada como prioritaria por la UE. Las autoridades españolas no la incluyeron entre los espacios protegidos previamente, y el inventario de aves realizado por expertos españoles y la asociación Birdlife en 1998 no reclamó su conservación.

La remodelación de su playa, realizada en un 85% con fondos comunitarios, puede afectar al ecosistema. Asimismo, existe el peligro de su desaparición, ya que la zona ha sido clasificada como "urbanizable".