El objetivo del programa es encontrar las formas más económicas de reducir las emisiones en el transporte terrestre, un 20% hacia el año 2020, compaado con los datos de 1995. La Comisión lanzará otro reto, la iniciativa "Aire puro para Europa", en el año 2001.

Auto-Oil II también persigue otros objetivos más generales, como permitir una comparación entre la rentabilidad económica de medidas técnicas y examinar en qué medida los transportes por carretera continúan afectando a la calidad del aire. Asimismo, plantea posibles estudios de otras fuentes, como la industria y la agricultura.