Sin embargo, tanto Greenpeace y Ecologistas en Acción, como CCOO, consideran que la decisión de los ministros de Medio Ambiente resulta insuficiente, ya que no afecta a los cultivos ya autorizados ni a la comercialización de productos que pocedan de países no comunitarios.

Para Greenpeace y Ecologistas en Acción, la suspensión de nuevas autorizaciones hasta que se actualice la directiva que regula estos productos supone una victoria del movimiento ecologista.

Además, Greenpeace acusó a la ministra de Medio Ambiente de emprender una campaña de confusión para intentar "suavizar su fracaso".

Según Ricardo Aguilar, portavoz de esta organización, "la lamentable y rídicula situación en la que ha quedado el Gobierno español con las popuestas aprobadas ayer deberían hacer recapacitar a la ministra de Medio Ambiente, en lugar de continuar con declaraciones para intentar confundir a los ciudadanos".

A juicio de Ecologistas en Acción, la decisión de los ministros europeos supone reconocer el principio de precaución "y es una victoria del movimiento ecologista que ha desarrollado una fuerte campaña pidiendo la prohibición a la liberación comercial de organismos modificados genéticamente desde que se introdujo, en 1996, el primer cargaento de soja transgénica en la UE".