En 1999, El Salvador fue el sexto país de Iberoamérica al que más dinero destinó la Agencia Española de Cooperación Internacional (AECI), sólo por detrás de Perú, Nicaragua, Honduras, Guatemala y Bolivia.

Parte de la ayuda que recibió El Salvador desde 1998 se destinó a reconstruir las zonas afectadas por el huracán "Mitch". En 1999, la Agencia Española de Cooperación Internacional destinó 1.003 millones de pesetas a este país centroameriano.

De esa cantidad, la mitad se asignó a ONG de desarrollo que lideran proyectos de cooperación en El Salvador, 100 millones se asignaron en concepto de ayuda alimentaria y casi 50 financiaron programas de becas.

El resto permitió financiar distintos proyectos mediante la concesión de microcréditos y ayuda no reembolsable. La cooperación española trabaja en distintas áreas que abarcan desde la salud, la educación o la vivienda hasta los programas que tienen como objetivo apoyar el aparato produtivo del país.