En una entrevista publicada por la revista cristiana "21RS", Aguirre pide perdón a las víctimas, "porque la Iglesia vasca se ha portado mal con ellas".

Además, el sacerdote explica cuál debe ser a su juicio la actitud del creyente ante el proceso de paz y pide a la Iglesia que se dedique "a sanar el tejido social y a recordar la deuda que Euskadi tiene con las víctimas de ETA".

En su opinión, ante el proceso de paz los cristianos deberían poner en práctica "la prudencia, el apoyo vigilante al Gobierno democrático que gestione el trance, la firmeza para que quienes han practicado la violencia no sean recompensados por dejar de practicarla".

Asimismo, les invita a "denunciar el nacionalismo idolátrico convertido en una religión de sustitución que ha exigido sacrificios humanos, así como acompañar a las víctimas y convertirlas en punto de referencia de todo el proceso".

Respecto al papel que debe jugar la jerarquía eclesiástica en este proceso, Aguirre dice "no ser un entusiasta de que la jerarquía vasca realice funciones de mediación". En su opinión, "hubo entre la jerarquía quienes no se opusieron suficientemente a ETA ni se solidarizaron con las víctimas".

Como causas de esta actitud apunta "la misma afinidad política ideológica que hipotecó a todo el mundo nacionalista y, además, porque no se quería romper con el 'abertzalismo' radical y deseaban reservarse como interlocutores aceptados por ese mundo".