La vista para estudiar el recurso, presentado por Manos Limpias, había sido fijada para el pasado 21 de junio, pero tuvo que ser suspendida debido a la recusación de dos de los cinco magistrados que debían analizar en un principio la citada sentencia, por la que se absolvió también a Gorka Knörr y a Kontxi Bilbao, entonces miembros de la Mesa del Parlamento vasco.

Atutxa, Knörr y Bilbao recusaron a los magistrados Luis Román Puerta y José Manuel Maza, ya que ambos formaron parte de la Sala Especial del Tribunal Supremo que decretó la ilegalización y disolución de HB-EH-Batasuna, el 27 de marzo de 2003.

Fue en noviembre de 2005 cuando el TSJ del País Vasco decretó la absolución de Atutxa, Knörr y Bilbao de un delito de desobediencia, por no disolver el grupo Sozialista Abertzaleak (SA), como ordenó el Tribunal Supremo. Los magistrados entendieron que les protegía la "inviolabilidad parlamentaria".