Fuentes del sindicato Manos Limpias, artifice de la querella, indicaron a Servimedia que los magistrados de la Sala Segunda (o Sala de lo Penal), presididos por el juez Juan Saavedra, han decidido admitir a trámite la querella.

En la citada querella, presentada el pasado 26 de enero, se acusa a Garzón de haber iniciado su investigación sobre los desaparecidos de la Guerra Civil y el franquismo "consciente de la ilegalidad e incompetencia en que incurría". Es decir, que Garzón habría tomado decisiones injustas a sabiendas, lo que constituye el delito de prevaricación.

Manos Limpias considera en su querella que Garzón prescindió "total y absolutamente del procedimiento establecido, de la irretroactividad de la ley penal, de la ley de amnistía de 1977 y de sus propios actos y autos, en los que rechazó como genocidio los asesinatos de Paracuellos del Jarama".

La instrucción de la causa por parte de Garzón finalizó el pasado 18 de noviembre de 2008, cuando el magistrado, después de dos meses de instrucción, decidió finalmente inhibirse y dejar la investigación sobre los crímenes de la Guerra Civil y la dictadura de Franco en manos de los juzgados ordinarios de los municipios en los que existen fosas comunes.

Garzón tomó esta decisión después de declarar extinguida la responsabilidad penal de Francisco Franco y de los otros responsables del ejército nacional, de la dictadura y de la Falange a los que había imputado delitos de crímenes contra la humanidad.